Pour sauvegarder ses intérêts et la tradition, l’Église a subverti le message révolutionnaire du Christ qui désire pour l’individu une liberté absolue de choix intérieur. Parcourant l’histoire du christianisme avec ses rigidités doctrinales, son Inquisition, ses luttes de pouvoirs et d’intérêts, citant abondamment les Évangiles avec ses idéaux d’égalité, de justice, de pardon, de compassion, l’auteur constate que ces idéaux désertèrent l’Église pour se retrouver chez les humanistes. Tous les Européens, quelles que soient leurs convictions, sont donc bien les héritiers de l’Europe chrétienne.
Frédéric Lenoir écrit un ouvrage ambitieux et dense qui peut paraître excessif (les institutions ne sont guère épargnées) ou enthousiasmer. Dans Les métamorphoses de Dieu (NB janvier 2004), il adhérait déjà au métissage religieux de l’homme occidental. Dans Le Christ philosophe, il affirme que pour Jésus aucune religion n’est supérieure à une autre devant Dieu. Il conclut que le christianisme n’est pas d’abord une religion avec dogmes, sacrements, clergé, mais une spiritualité personnelle à portée universelle, une relation intime avec Dieu.